Wat het prestige van de artiest betreft, zet ze ook verschillende tentoonstellingen op poten, en dit over de hele wereld. Zo ondersteunde de Stichting 1998 de Koninklijke Musea voor Schone Kunsten van België met hun indrukwekkende overzichtstentoonstelling ter gelegenheid van de 100ste verjaardag van René Magritte. Sindsdien heeft ze ook meegewerkt aan enkele belangrijke tentoonstellingen zoals die van het Louisiana Museum of Modern Art in Kopenhagen (augustus-november 1999), de Scottish National Gallery of Modern Art in Edinburgh (december 1999-maart 2000) of die van het San Francisco Museum of Modern Art (mei-september 2000). In 2001 nam de Stichting Magritte in Rome voor het eerst de volledige verantwoordelijkheid op zich voor de organisatie van een tentoonstelling gewijd aan de schilder. Sindsdien deelde de Stichting haar ervaring voor de uitwerking van tentoonstellingen in Knokke (juni – september 2001), in Japan (2002) in het Jeu de Paume in Parijs (2003) en in de Fondation Beyeler in Bazel… 

In 2005 opende de eerste grote overzichtstentoonstelling van het fotografisch werk van Magritte haar deuren in Brussel (Paleis voor Schone Kunsten). Deze overzichtstentoonstelling reisde vervolgens de wereld rond en meer bepaald naar Parijs (Maison Européenne de la Photographie (2006). Ook na 2006 steunde de Stichting regelmatig de bevordering van Magritte’s kunst door middel van tentoonstellingen over de hele wereld, zoals bijvoorbeeld in het Los Angeles County Museum of Art (november 2006-maart 2007), in het Museum of Art van Seoul (december 2006-februari 2007), in het Museo del Palacio de Bellas Artes in Mexico (2010), in de Tate Liverpool en Albertina in Wenen (2011). Binnenkort zal de Stichting een belangrijke reizende tentoonstelling ondersteunen met als titel Het mysterie van het gewone, 1926-1938 die zal openen in het MoMA New York en daarna zal verder reizen naar de De Menil Collection te Houston en het Art Institute van Chicago. Momenteel is de Stichting volop aan het werk ter voorbereiding van een grote tentoonstelling in Japan, René Magritte : de zoektocht naar het absolute, die in 2015 zal doorgaan in The National Art Center van Tokyo en het Municipal Museum of Art van Kyoto.

Voor de bescherming van het oeuvre werd op 30 maart 2000, in Brussel, onder het toezicht van de Stichting Magritte een Comité voor expertise van de werken van René Magritte opgericht. De Stichting wil hiermee Magritte’s werk veiligstellen en de continuïteit van het titanenwerk dat de auteurs van de beredeneerde catalogus hebben geleverd, verzekeren. Het comité, dat tweemaal per jaar vergadert, bestaat uit leden van de raad van bestuur van de Stichting en uit externe experts.

Op het vlak van onderzoek werkte de Stichting Magritte mee aan de oprichting van een Onderzoekscentrum René Magritte aan de Vrije Universiteit van Brussel. Dit Onderzoekscentrum heeft als hoofddoelstelling het promoten van onderzoek naar Magritte door het uitgeven van doctoraatsthesissen, conferentieverslagen, briefwisseling en door geschreven en visuele archieven te verzamelen en te ontwikkelen. De repatriëring van een kopie van Magritte’s archieven die zich in Houston (Menil Foundation) bevond, vormde dan ook een grote stap in dit onderzoeksproject.

Op een meer pedagogisch niveau zet de Stichting Magritte vandaag verschillende projecten op zoals de ontwikkeling van een website of zelfs publicaties voor kinderen …De Stichting Magritte zal in de toekomst op al deze gebieden actief blijven, zonder nieuwe onderzoeksdomeinen uit de weg te gaan. Op initiatief van de Koninklijke Musea voor Schone Kunsten van België, De Regie der Gebouwen, De Stichting Magritte en de Suez-group, opent het Magritte Museum zijn deuren in het voorjaar van 2009.